Les noues, petits cours d’eau se jetant dans la Seine, sillonnent le territoire de la réserve permettant l’irrigation des milieux naturels à proximité en période de crue. Ces noues correspondent à d’anciens paléo-chenaux de la Seine qui ont été par la suite exploités par l’homme.

Les milieux aquatiques ne se limitent pas aux cours d’eau. De nombreux plans d’eau sont présents en Bassée dont quelques uns se situent dans la réserve naturelle. Ils sont issus de l’activité d’extraction des alluvions et plus particulièrement des sables. Lors du creusement, la nappe phréatique sous-jacente fait surface, formant ainsi de vastes plans d’eau.